Der Nationale Forschungsrat beurteilt die dem SNF unterbreiteten Gesuche und entscheidet über deren Unterstützung. Hauptaufgabe ist die Führung des Nationalen Forschungsrats und seines Präsidiums. Weitere Aufgaben sind die Mitarbeit an der strategischen Ausrichtung des SNF sowie die Pflege der Beziehungen zu anderen Akteuren im Bildungs- und Forschungsumfeld, Behörden und Medien. Der Präsident resp. die Präsidentin wird für eine Amtsperiode von vier Jahren gewählt; eine einmalige Wiederwahl ist möglich.